CT与磁共振，虽然图像比较类似，但成像原理、方法完全不同，检查时应根据自身情况选择。CT是通过组织对高能X射线的吸收差异、密度差异，利用计算机成像获取图像；磁共振是通过磁场、组织释放的氢原子振动从而获取影像。

CT与磁共振检查的侧重点有所不同，如肺部病变，利用CT检查优势较大，扫描速度快、图像清晰；磁共振检查肺部。由于肺部含有空气，水分子较少，共振氢离子少，成像模糊，而磁共振对软组织的检查具有很大优势。