肛周脓肿本身会很疼，在发病时患者会觉得红、肿、热、痛，甚至疼痛难忍。其实手术中不会感觉到疼，因为采取的是全麻方式，患者清醒后手术已经做完。术后疼痛不会很重，因为此时已经没有肛周脓肿的疼痛，术后只是创口疼痛，如果不大便，对创口无刺激，也不会疼。术后还会应用止疼药，一般24小时都会覆盖，因此，术后疼痛比较轻微，疼痛期一般是7天，7天后即使不用止疼药，也不会太疼。
因此，肛周脓肿手术治疗效果非常好，疼痛比较轻，尤其与术前疼痛对比，疼痛明显减轻。但是，在患者大便时会感觉到疼痛，可采取中药坐浴或温水坐浴等方法，减轻创口的疼痛。
