肛门镜和肠镜属于两种完全不同的检查方式，肛门镜相对于肠镜而言比较粗，材质比较硬。肛门镜主要用于肛门局部疾病的诊断和治疗，无法进一步深入到更远端的直肠、乙状结肠、降结肠、横结肠、升结肠等部位进行观察。

肠镜相对更软，材质更细，主要用于整个结肠的检查，肠镜深入到肠道内拐弯的部位时，患者可能会有不适感，医生向肠内打气，撑开黏膜时会出现腹胀感觉。两种检查的适应症不同，用于诊断和治疗的疾病不同，患者的感受也不同，二者不能互相替代。