克罗恩病主要症状为腹痛、腹泻和体重下降，可以累及全消化道，常见累及部位是小肠。患者通常会出现腹痛、腹泻，极少数严重患者会出现便血。

由于小肠的主要功能是吸收，小肠出现病变时，必然会影响对营养物质的吸收，进而会出现营养不良，如儿科患者可能没有腹痛、腹泻的症状，只表现为严重的营养不良。克罗恩病也常见于青年人，除表现为腹痛、腹泻之外，还会有严重的进行性体重下降，与营养不良有关。另外，克罗恩病还可能会造成肠瘘，以及肠道由于纤维化导致狭窄，引起相应的腹膜炎或肠梗阻。