关于胰头囊肿的去除，很多情况下较小的胰头囊肿无需处理，因为其常与大胰管、小胰管经常相通，如果贸然切除，可能导致胰瘘。出现胰瘘可能十分危险，因为胰瘘分泌胰液，胰液一旦被激活后相当于可以消化自身的液体，并可以腐蚀大血管，腐蚀周围组织。所以对于较小的囊肿，如果没有症状并不推荐切除。

若将大囊肿切除则需进行手术，胰腺囊肿与正常胰腺组织界限较为清楚，所以会让手术变得更为方便、简单。一般情况下若手术切除，局部切除即可达到治疗效果。如果胰头囊肿与十二指肠下端关系都非常密切，则必然要进行胰十二指肠切除术。