胰腺囊肿是良性疾病，病因目前尚未明确，如果做手术，可以达到治愈效果。该病和其它肿瘤不同，如低度恶性肿瘤、实性假乳头状瘤、浆液性囊腺瘤、黏液性囊腺瘤、IPMN均具有恶变风险，但胰腺囊肿是良性疾病，和肝脏囊肿相同，甚至与皮肤脂肪瘤的性质相同，通常终生都不会恶变，一旦取出，就可以达到根治的效果，因此可以治愈。

胰腺囊肿在治愈的基础上可能会出现较严重的并发症，即胰瘘。胰瘘有时可能造成严重的后果，比如大创面胰瘘可能腐蚀局部组织，尤其是胰腺后方存在很多血管，一旦血管被腐蚀、破裂，可能因出现大出血导致致命性危害。