卵巢囊肿的治疗方式取决于患者的年龄、囊肿的良恶性，囊肿的部位、体积、大小，囊肿的生长速度、类型、是否保留生育功能，以及患者的主观意愿。对于生理性的卵巢囊肿，如果囊肿比较小又没有症状，并且B超提示为良性，肿瘤标记物含量也正常，建议可以观察不需要治疗。肿瘤短时间内生长迅速，无论是囊性的、囊实性的、或者实性的，都建议积极的手术处理，并通过病理检查明确囊肿的性质：

1、良性卵巢囊肿的手术治疗，可以采取卵巢囊肿剥除术。年轻的患者，尤其是绝经前患者多采用这种术式，尽可能的保留正常的卵巢组织，仅仅剥除卵巢的囊肿进行化验。卵巢囊肿还可以进行输卵管卵巢切除术，年龄＞45岁以上或者绝经后的患者，可行一侧或者双侧的输卵管卵巢切除术。值得注意的是，对于较大的卵巢囊肿的手术应该不计切口的大小，以完整的切除为宜避免囊肿破裂，囊液流入腹腔或者切口造成种植。术中要注意腹压的变化，较大的囊肿切除时，应该注意患者的脉搏、呼吸、血压的变化，必要时要进行加速输液、输血、输氧，预防早期发生胃扩张、麻痹性的肠梗阻，以及引起水电解质平衡的失调；

2、恶性卵巢囊肿的手术治疗。恶性的卵巢囊肿多数患者就诊的时候多已经达到晚期，因此要尽一切的可能去切除原发的囊肿，及所能看见的盆腔腹腔的转移病灶。由于卵巢恶性囊肿，常于子宫附件粘连或者浸润浑然一体，而且紧贴着盆腹膜，故现在多采取卷地毯式，将子宫和肿瘤连同盆腹腔整块切除，又如大网膜的切除、部分肠管的切除、部分膀胱和输尿管的切除，这种术后的患者往往预后较差。其次可考虑腹腔内留置引流管，以便术后腹腔内进行药物化疗。