有些患者往往术后担心射频消融手术会不会伴有疼痛，疼痛与我们机体的多种因素有关，包括个体差异、个体敏感性、消融部位、消融深度和时间，还有消融范围等。一般来说在射频消融过程中，都会采用局部麻醉将导管送至心内，进行相应病灶的消融。普通患者一般不会感觉到疼，但是有一些特殊患者比较敏感，有可能会感到疼。

射频消融整个过程对于阵发性室上性心动过速而言，大约为1-2分钟，患者可能疼了几十秒。比如房颤消融的患者，多会采用静脉镇痛的措施，疼痛可能不会太明显，绝大多数患者都能耐受整个手术过程，仅有一小部分患者可能是因为紧张或者疼痛比较厉害，可以辅助部分镇静的药物来避免。由于疼痛而不能耐受手术的情况很少出现。