治疗耐药结核病的药物首先和不耐药的病人完全不一样，原因就是因为不耐药的结核病人用一线普通药，如异烟肼、利福平、吡嗪酰胺、乙胺丁醇，基本上90%的初治病人不耐药之后都能达到治愈。而如果一旦病人耐药之后，一线的药物难以奏效，这时可能就要启动二线药或者不常用的药，主要包括：
1、喹诺酮类药物：包括氧氟沙星、左氧氟沙星、加替沙星、莫西沙星，目前这类药用的比较多的就是莫西沙星和左氧氟沙星；
2、注射剂：包括阿米卡星以及卷曲霉素；
3、第三类药包括丙硫异烟胺、环丝氨酸、利奈唑胺、氯法齐明，特别是还包括贝达喹啉，贝达喹啉是最近60年来全世界产生的唯一一个有效治疗耐多药的药物，该药物在国内受保护，必须在有资质的医院、资质的医生才能使用。