CT射线指CT球管发射出的X射线，X射线对人体的危害主要来自电离辐射，可与人体组织细胞和体液作用，破坏机体的一些大分子结构，例如蛋白质、DNA分子，甚至直接损害细胞的结构，累积较大剂量时还会产生致癌和致畸的作用。笼统的讲，X射线对人体的危害主要有直接的损伤、致癌和致畸三个方面，但要产生这样大的危害，必须要射线辐射累积达到一个较大剂量。
照射剂量的多少和CT扫描的曝光条件和曝光时间密切相关。最新研究表明，辐射剂量限量一般要求＜100mSv，＞100mSv才有可能引起不确定的效应。正常用于人体检查的CT扫描射线的剂量都远远小于这个限量，属于安全范围内，通常1年做2-3次CT扫描不会对人体产生影响。但人体一些对射线比较敏感的器官，例如甲状腺和性腺，在做CT检查时还是要注意做好防护。备孕中女性，特别是怀孕初期的女性要尽量避免接受CT检查。