颅内血肿切除术后并发症取决于多方面因素，包括原发病形式、出血量大小、出血部位以及是否伴有全身其它严重情况等。如果患者瞳孔散大、脑疝形成、预后不良合并全身其它脏器功能障碍，例如凝血功能障碍或长期口服双抗药物阿司匹林和氯吡格雷、肝素类药物，术后再出血机会增大。

慢性肾功能衰竭患者术后出现肾衰机会较大。糖尿病时间长、血糖控制差患者术后感染可能性较大。长期吸烟，昏迷时间较长患者术后容易出现肺部感染等。

脑内血肿术后常见并发症有脑功能障碍、长期昏迷、癫痫发作、脑感染、脑感染、头皮感染、化脓性骨髓炎、硬膜下积脓、硬膜外脓肿、脑室炎、脑室内的感染以及脑脓肿、脑脊液漏引起颅骨缺损等。