乙醚麻醉的副作用，与其他吸入麻醉药相同，可引起病人血压下降、呼吸道分泌物过多等。乙醚麻醉多用于60-70年代或80年代初，由于乙醚的副作用，麻醉分期后较快进入麻醉状态，容易引起循环波动。另外由于乙醚还有可燃性，术中使用电刀时还可能出现着火。

目前乙醚麻醉已被废除，新兴的吸入麻醉药物效果较乙醚更好。目前的吸入麻醉药物主要是醚类，如七氟醚、七氟烷、地氟烷、异氟烷等药物，毒副作用远低于乙醚。