如果鼻窦炎和过敏性鼻炎同时存在，可以采用药物治疗同时治疗两个疾病。过敏性鼻炎患者可能需要使用鼻用激素，还有鼻用或者口服的抗组胺类、抗白三烯类药物。鼻窦炎患者在使用鼻用激素的同时，还需要给予黏液促排剂，有时还需给予抗生素等药物。此时可以同时给患者使用两种药物，从而使患者在抗过敏的同时，也能有效治疗鼻窦炎。
如果患者存在部分解剖上的畸形，或者是鼻窦炎伴有鼻息肉，还需要进行鼻内镜手术，来矫正畸形、切除鼻腔息肉、开放鼻窦，才能使鼻腔黏膜恢复正常的引流和通气，使鼻窦炎和过敏性鼻炎得到良好的控制。鼻窦炎和过敏性鼻炎经常同时存在，尤其是在花粉季节，尤其是过敏性鼻炎的患者，鼻腔黏膜会出现高度水肿，会引起鼻窦经常性继发性感染，从而导致鼻窦炎。
