结肠炎疾病治疗首先需确定病因，进行抗菌治疗。抗菌治疗选用抗革兰阴性杆菌类，如喹诺酮类药物治疗。特殊疾病一般是炎症性肠病，包括溃疡性结肠炎和克罗恩病，是由自身免疫缺陷引起，治疗主要是5-氨基水杨酸类药物。这类药物主张长期应用，应用效果不佳时或炎症持续反复考虑激素甚至免疫抑制剂治疗。还有其它因素引起，包括进食刺激性食物，导致物理刺激引起结肠炎症表现时，注意饮食即可。

结肠炎常见为细菌性结肠炎，有明确病因。细菌常见痢疾杆菌，引起急性结肠炎表现。还有沙门菌或金葡菌感染引起，通常是急性胃肠炎，一般还伴有胃部病变表现；极少数由病毒引起。