儿童矮小症的病因较多。从医学角度而言，分为内分泌的原因以及非内分泌的原因。内分泌的原因主要是生长激素缺乏，长个子主要是靠生长激素起作用。非内分泌的原因有颅内占位，脑子里长肿瘤也会影响生长激素，还有营养不良、严重的肝脏疾病、肾脏疾病等，都会导致孩子的生长发育不良，个子长不高。
有些孩子有心理问题，也会出现这样的情况，现在留守儿童的现象是社会关注的主要问题之一，孩子长期见不到父母，身心得不到必要的关怀，也会导致个子长不高。另外，生活习惯不好，睡眠时间较短，入睡较晚也是导致孩子个子长不高的原因。因为人的生长激素是在晚上10点左右，人处于深睡眠状态下才能分泌，如果这个时候没有睡觉，或者没有进入深睡眠，都会影响生长激素的分泌，影响到身高。想让孩子长个子，家长一定要注意这些方面。
