引导组织再生术的适应症主要根据牙槽骨缺损的范围来判断，简单来讲，如果是四方形的花盆，只缺了一角可以轻易的把花盆的边补起来，但是如果缺的边越多，就越难保持骨头的稳定，骨头也比较难长好。所以一壁骨的缺损和二壁骨的缺损是引导组织再生术的适应症，第三类缺损跟第四类缺损效果较差，成功率较低而手术创伤较大。所以引导组织再生术，一般会选择在第一类缺损或者第二类缺损的患者中进行，第三类缺损或第四类缺损的患者会慎重考虑。
对于牙周基础疾病没有控制的患者，即牙周炎进展期的患者，不适宜进行引导组织再生术。另外，长期服用抗凝药物或者减少骨质代谢的药物者，如双膦酸盐，也要慎重。如果患者近期需要放化疗，这种状况也不适宜做引导组织再生术。
