室间隔缺损几乎没有自愈的可能，室间隔指左心室和右心室之间的隔膜。由于左心室、右心室之间过大的压力差产生一个持续的血流交通，疾病早期主要从左心室往右心室流动，因为左心室压力比较高，尤其在收缩期，远超过右心室压力。

室间隔缺损与先天性心脏病卵圆孔未闭不同，中间有像门一样能摆动的隔膜，有时压力将隔膜贴住，不会使血液产生分流。室间隔缺损中间没有像门一样能摆动的隔膜，只是空缺，空缺越大，影响越大，加之持续的异常血流通过，缺损无法自己闭合，多数需要手术治疗，如外科开胸手术。部分患者缺损位置和大小可以进行介入微创手术治疗，将缺损闭合。