新生儿窒息主要是缺氧以及缺氧引起的酸中毒及循环障碍。可导致组织器官的代谢异常，并引起相关的功能障碍，主要表现在脑、心、肝、肾以及胃肠道等方面。程度重或未经积极治疗的窒息患者，可以导致器官功能衰竭，甚至死亡。此病对大脑的影响主要是引起新生儿缺氧缺血性脑病，这是新生儿窒息后的严重并发症。由于脑部是全身耗氧量最大的器官，窒息的时候因为缺氧引起酸中毒，使脑部的供氧以及供血均减少，从而使脑部细胞缺氧而出现代谢异常，导致脑细胞水肿，甚至脑神经元坏死，从而留有神经系统的严重后遗症，比如智力低下、癫痫以及脑瘫等。窒息后如果发生新生儿缺氧缺血性脑病，常需要长期而且规律的康复治疗，以提高生活质量。