第三脑室肿瘤的后遗症主要取决于手术通道对正常结构所产生的牵拉和损伤，以及取决于在做第三脑室肿瘤切除时，对第三脑室侧壁、顶壁、底壁结构的损伤和牵拉。最常见的并发症是短期记忆力障碍，第三脑室的顶壁是胼胝体，到达第三脑室多数情况下要从第三脑室顶壁进，因为从顶壁进它的空间就比较开阔，手术操作视角较好。胼胝体的结构是联系两侧大脑半球额顶叶的联络纤维，把第三脑室顶部的胼胝体离断以后，两侧的联络纤维就会受到一定影响，会产生近期的记忆力障碍。所以在做胼胝体离断时往往会限制离断的长度，一般是1.5-2.0cm，减少记忆力障碍的发生。