腹腔灌注化疗难免会发生毒副作用，一方面毒副作用就是由于化疗药物所带来的副作用譬如发热、刺激、疼痛。化疗药物本身具有的胃肠反应、骨髓抑制，即白细胞降低、血小板降低、贫血、免疫力下降等。另外就是给药的方式，因为是在腹腔给药的形式，把药物存积在腹腔内，会对腹腔内的腹膜有一定的刺激作用，会产生疼痛等。这是因人而异的，不是每一个病人都会出现这种症状，有的人可能反应比较轻，出现一种甚至两种，有的人反应比较重，这需要在临床腹腔灌注化疗的过程中进行严格的控制和评估，然后来进行腹腔灌注，使病人达到耐受，而且有良好的灌注效果。
