根管治疗第二次处理后，疼痛多数都是在根管预备的过程中，由于操作的原因造成根管内感染物质被推出，也就是到了牙槽骨内，引起牙槽骨内短暂的炎症，这些炎症可以在辅助口服药物的情况下很快消失。有的是由于医生治疗时，预备根管器械超出了根尖狭窄的部分，也会造成人为的刺激、创伤，多数情况下都可以在三天左右自行缓解。