系统性红斑狼疮目前尚没有根治的办法，在治疗上强调个体化治疗。合理的治疗可以使系统性红斑狼疮患者达到长期缓解。治疗的原则是在急性期应积极使用药物诱导疾病缓解，尽快控制疾病活动。病情稳定后，再调整药物，并维持疾病的稳定状态，保护重要器官功能，减少药物的副作用。
治疗主要包括药物治疗和非药物治疗。非药物治疗主要是防晒、注意休息、心理支持等治疗。药物治疗包括抗疟药、糖皮质激素、非甾体类消炎药，及免疫抑制剂。病情危重或治疗困难的患者可根据病情，给予静脉注射大剂量的免疫球蛋白、血浆置换等。另外，近年来生物制剂也逐渐运用于系统性红斑狼疮的治疗，比如抗CD20单抗，包括利妥昔单抗。总体而言，治疗中做到遵从医嘱，规范治疗，定期随诊，大多数的患者都能够获得良好的控制。因此最佳的治疗方案就是医生的个体化诊疗策略与病人的密切配合。