益生菌存在于人的体内，从胃到大肠等消化道内都存在着一些菌，特别是小肠广泛存在着很多菌。目前也研究认为，小肠存在的细菌可能有达到400种以上，这些细菌实际上处于一种体内的内平衡状态，有益生菌、致病菌共存共生，互相在体内可以达到一个平衡状态。
腹泻的病人经常使用一些益生菌，是由于益生菌在体内存在的不平衡，各种原因被打破，譬如体质极弱或者抗免疫治疗、使用大量抗菌素，内平衡被打乱，需要外源性补充大量的益生菌。
益生菌实际上广泛存在，主要是像非致病性的大肠杆菌、乳酸杆菌。现在市面商品的药物有很多益生菌存在，有的是复方的，有的是死菌，有的是活菌，死菌就包括细菌的菌体和代谢产物。
如果是活菌进到体内，部分可以在小肠繁殖、定殖、定菌，在体内就和致病菌达成一个新的平衡，所以益生菌现在在消化性疾病里面用的还是不少。
