心源性脑栓塞，因为每个病人梗塞的面积不一样，栓子来源、大小不同，所以病情的轻重差别非常大，需要神经科的医生根据病情情况采取综合治疗，不存在单一的效果最佳的首选药物。在心源性脑栓塞的超急性期，即发病后六小时，应该尽快使用溶栓药物，如临床上目前常用的阿替普酶、尿激酶，神经科医生会根据病情选择合适的溶栓治疗，争取尽快溶解血栓。对于比较大的血栓，药物难以溶开时，尽快进行神经介入手术机械取栓，把栓子取出来，血管就通了。溶栓或取栓后，在急性期根据情况给予抗血小板聚集药，如阿司匹林、氯吡格雷，抗凝药如华法林、利伐沙班，还有神经保护剂，改善循环的中成药也有一部分作用。
