心源性脑栓塞的辅助检查主要在于查明是否存在心脏疾病，查明栓子来源，可以做24小时动态心电图，注意患者有无心律失常、心房纤颤，尤其是阵发性的房颤，用普通的心电图不容易检测到，做24小时动态心电图监测，就增加了查出阵发性房颤的概率；还需要检查经食道心脏彩超，发现卵圆孔未闭、房间隔缺损、室间隔缺损、心脏瓣膜病等心脏的结构异常；经颅多普勒血流图（TCD）、发泡试验可以帮助证实有没有心脏疾病导致的反常栓塞；如果怀疑感染性心内膜炎引起的脑栓塞，化验血常规、血沉需要反复多次进行血细菌的培养。颅脑磁共振、血常规、凝血功能这些检查在心源性脑栓塞的治疗期间，根据病情需要多次进行。