咽鼓管炎最主要的治疗是选择合适的抗菌素，如果没有特殊过敏，选择青霉素类或头孢类即可。如果是这类过敏，则可以选用阿奇霉素，成人还可选择可乐必妥。抗菌素的治疗最主要的是改善鼻腔通气，因为咽鼓管炎和鼻炎具有很大的连带关系。鼻腔可以喷用减充血剂，以改善鼻腔通气，或者使用鼻用的糖皮质激素，以减轻鼻黏膜的炎症性水肿，或者使用海盐水冲洗鼻腔，尤其是鼻腔后端，将鼻咽部分泌物冲洗干净，有利于咽鼓管炎症的消退。

在鼻腔通气改善、鼻腔分泌物清理干净的前提下，可以适当进行咽鼓管吹张的动作，如捏鼻子鼓气、咽鼓管吹球。另外也可以使用黏液促排剂，比如桉柠蒎，帮助咽鼓管的纤毛运动功能恢复。当咽鼓管存在炎症时，应尽量避免到压力变化较大的环境，比如坐飞机、潜水。