咽鼓管功能障碍最常见症状为耳内闷堵感，部分严重咽鼓管功能障碍患者，造成鼓膜内陷或粘连后，可出现听力问题，即听力下降。

咽鼓管功能障碍无法有效调节中耳内压力，可造成中耳持续负压。在负压状态下，患者自觉功能障碍侧耳内出现严重闷堵感。当中耳腔负压较为严重时，可出现中耳腔内有渗液，此种情况可造成听力下降，通常为传导性听力损失。出现中耳渗液时，部分患者可出现耳鸣，以及随头位转动，出现耳内流水声，极少数患者可伴随眩晕。

如耳内负压或渗液持续存在，还可继发上鼓室胆脂瘤以及中耳腔粘连，即粘连性中耳炎，造成永久性听力下降。