做飞秒激光近视手术有后遗症，但相对准分子激光和其他眼部手术，飞秒激光近视手术后遗症相对比较少，大体上可以总结为以下几点：
1、感染：包括术中的感染和术后的感染，术中的感染主要是因为使用激光来切削角膜基质，虽然不使用原来传统的角膜机械刀，但也进行了角膜基质的切削，所以存在感染的风险。术后的感染主要是患者的不配合导致，如果患者术后不注意使用医生开具的处方药、不注意洗脸和洗头的方式，让脏东西进入眼内，是有感染的风险存在；
2、术后眼睛不适：比如术后干眼、术后术眼疼痛，这些感觉来源于角膜内神经纤维被损伤，在角膜基质内进行切削的损伤难以避免，因此后遗症的发生率也相对比较高；
3、屈光回退：可能会再次出现近视现象，这种现象通常发生在术前眼睛度数比较高的患者身上，比如超过了600度或者超过了1000度的患者发生的几率比较高，度数越高，屈光回退或者再次出现近视的可能性相对就会越高。
