蛋白质通过口腔摄入到胃，首先由胃内的胃蛋白酶进行初步消化，然后从胃排入小肠。小肠里有胰腺分泌的蛋白酶，因此蛋白质在小肠里经过蛋白酶的充分消化，这种大的、复杂的分子结构逐渐降解为短肽类以及氨基酸这种小分子物质，才能被小肠黏膜细胞吸收。

吸收后，人体的各种细胞、脏器，通过能量代谢的途径，利用蛋白质所产生的一些能量，同时合成人体相关的蛋白质成分，如肌肉、酶类等。这就是大致的蛋白质消化、吸收的过程。

消化和吸收同时进行，为了理解方便，医生通常会将两者分开解释，实际上消化和吸收一直是同时进行，这个中间的过程非常复杂，有非常多精密的调节机制，这是人体与生俱来的，是人类进化逐渐形成的功能。