贲门溃疡是消化科常见情况，大部分由于胃食管反流引起。指由于贲门功能出现障碍，例如贲门口松弛使胃和十二指肠内容物反流到食管，可以引起胃和十二指肠交界处尤其是贲门的黏膜损伤。此时建议患者可以服用抑酸药物，例如雷贝拉唑、奥美拉唑可以有效抑制胃酸对于贲门黏膜的损伤。还可以加用黏膜保护剂，常用铝镁制剂，可以有效中和胃酸、保护贲门黏膜。

另外，少部分患者贲门溃疡是由于贲门恶性疾病例如贲门癌引起。如果内镜病理检查找到肿瘤细胞，建议积极进行手术治疗。此外少数患者可能和克罗恩病等炎症性肠病有关，一般都和自身免疫相关，服用抑酸药同时根据患者病情，甚至可以酌情加用免疫抑制剂或免疫调节剂进行治疗。