试管婴儿的畸形概率较小。试管婴儿只是将卵子和精子从体内取出，在体外正常受精，在培养箱里面培养3-5天，形成胚胎后再移植回子宫腔里面，整个过程与正常的怀孕过程相同，畸形率、流产也与正常分娩基本一样。即使是正常的怀孕也可能有2%-3%的畸形率，而试管婴儿甚至可更少，因为试管婴儿会从胚胎中间选出形态学评分中较好的胚胎，所以试管婴儿的畸形率并没有比正常妊娠高。

患者可能会有较多自身的不孕因素，如卵子质量不佳、染色体异常，都可能会导致胚胎异常情况，但在正常妊娠中也可能会存在。但试管婴儿可能会有更多的妊娠期并发症，如患者合并有糖尿病，糖尿病也可导致胎儿畸形。所以在做试管婴儿前应控制好血糖情况，在妊娠后也要重点关注血糖情况，避免妊娠期糖尿病产生，畸形率会有好转。