通常根据美国国立卫生研究所危险度分级标准，将危险度分为极低复发风险、低度复发风险、中度风险和高度风险，同时根据既往对近2000例患者进行分析，数据显示接近半数间质瘤患者属于极低复发风险或低度复发风险。

根据长期随访表明，极低复发风险和低度复发风险的患者，基本可以通过手术达到治愈效果，即可以考虑为良性疾病。胃肠间质瘤没有绝对良性恶性之分，具有恶性潜能但存在高低不同的划分。临床上有较多微小间质瘤患者可终生不发展，从生物学行为上可以考虑为良性肿瘤。