男性检查支原体通常采用精液检查，精液包括前列腺液、精囊液、附睾液，检查结果最为准确。也可采取前列腺液检查，通过按摩前列腺后取前列腺液进行检查。急性期的病人可以进行尿道拭子或尿道分泌物检查。
通常男性存在不适症状时才进行支原体检查，例如尿痛、尿道存在分泌物、尿频、尿急，不育的病人也可进行检查。男性尿道及生殖道内存在正常寄居的支原体，如解脲支原体、人型支原体，对人体不会造成损害。某些支原体也可致病，但根据目前的科学手段，无法判断致病支原体的种类，患者存在临床症状时可采取治疗，存在生育要求的病人也可进行治疗。引起非淋菌性尿道炎的支原体称为生殖支原体，分子量较小，目前可通过基因技术在尿液、精液、前列腺液中检查。
