阴茎上长小肉疙瘩的治疗方法，需根据病因进行选择，具体如下：
1、尖锐湿疣：导致阴茎冠状沟出现肉芽样或菜花样肿物时，通常需要进行激光照射或液氮冷冻治疗，多数病人的症状会明显好转；
2、扁平疣：病人出现HPV感染时会在阴茎皮肤表面形成扁平疣，需要进行液氮冷冻治疗或激光治疗；
3、皮脂腺囊肿：通常不需要处理；
4、阴茎冠状沟珍珠状丘疹：属于正常生理现象，最常见于20-40岁青壮年男性，在龟头、冠状沟表面出现一圈小颗粒，形成冠状沟小疙瘩样改变。通常为结缔组织增生，不需要处理。
此外，尖锐湿疣和扁平疣需要通过醋酸试验进行鉴别诊断，即用3％的醋酸溶液涂抹于肿物表面，5分钟如果表面发白，通常提示为尖锐湿疣。
