激光是治疗扁平疣的常用方法，因为疾病治疗，既有正作用又有副作用。激光是治疗扁平疣的常用治疗手段，但是如果数量非常多，大面积用激光治疗。
激光是光能变成热能，高温作用可以导致皮肤灼伤，把病毒烧死，同时组织也烧伤，受损伤。最常见不良反应首先是局部烧伤、烫伤，导致皮肤继发细菌感染。另外，如果患者抵抗力非常低，病毒消灭不彻底，可以导致扁平疣再复发或者加重。如果烧灼比较深、程度掌握不好，可以出现瘢痕。炎症结痂脱落，炎症消退以后，局部会出现炎症后的色素沉着或者色素减退。
激光治疗扁平疣常用的治疗手段，但是有副作用，最常见是继发细菌感染、病情加重、局部瘢痕、色素沉着或者色素减退等不良反应。