外生殖器对男孩较为重要，兼顾排尿和生育功能。尿道下裂对患儿主要危害为外观异常，以及尿道口位置下移造成无法站立排尿。尿道下裂患儿通常类似女孩一样蹲位排尿，可对逐渐长大需要融入社会的儿童造成极大心理压力和心理影响。

多数尿道下裂患儿合并阴茎下弯，如果不进行阴茎体伸直手术，后期发育过程中弯曲会加重，引起成年尿道下裂患者勃起疼痛和性交困难，影响以后夫妻生活及生育，重型尿道下裂患儿如果合并隐睾也会影响生育。