耐药肺结核患者规律服用抗结核药物，治疗2-3个月后痰菌量可明显下降，耐多药肺结核患者达到细菌学检查阴转一般至少需要治疗6个月。前6个月治疗为耐多药肺结核强化期治疗，如果第6个月末患者痰菌检测结果仍未转阴，需要将强化期延长至8个月再进行判断。

耐药性肺结核传染性与患者痰菌量密切相关，痰菌量越大，耐药肺结核传染性越强。痰菌转阴指连续30天以上两次痰培养检测结果，均提示结核分枝杆菌呈阴性，而痰菌是否转阴为判断治疗效果与传染性的可靠指标。