经期同房最大的危害是有可能引起宫腔感染、盆腔感染，因为来月经时子宫内膜脱落，宫腔血管裸露，这种裸露的血管有利于病原菌侵入。另外，宫腔内、阴道内有积血，积血是细菌最好的培养基，所以在月经期同房极易引起宫腔内感染、盆腔感染。这种感染会引起宫腔粘连，可能造成输卵管堵塞，导致不孕症，所以建议女性不要在月经期同房。
在经期同房会刺激子宫，子宫会收缩，子宫收缩的过程中会有经血倒流，所谓经血倒流是月经血倒流到盆腔中，可能会有子宫内膜进入盆腔，如果子宫内膜种植在卵巢，可能引起卵巢子宫内膜异位症，也称为巧克力囊肿；如果子宫内膜种植在盆腔，可能引起盆腔子宫内膜异位症。
