隐睾手术风险主要来源于麻醉风险与手术风险，儿童隐睾麻醉较为安全。通常采取基础麻醉配合骶管麻醉，安全性较高，风险较少，手术风险主要来源于疾病程度。部分儿童睾丸位置天生高，精索短，即会导致一次成功可能性下降。

普通隐睾做完后，通常无需抗感染治疗，故感染风险较少，手术出血风险较低。低位隐睾，甚至无需进行腹股沟切口，风险更少，感染机会也少，切口美观程度好。故隐睾手术整体风险低。