正常、成功的隐睾手术不影响生育，而对生育恢复起帮助作用。如果不正常的手术，可能损伤到精索、输精管的组织，损伤睾丸，手术后睾丸萎缩可能容易产生。正常手术对生育有帮助，术后睾丸在正常阴囊里面，正常温度下面生长，睾丸会正常生长，后期不育可能性减少。若手术未正常操作，可能在处理鞘状突时损伤到输精管，导致影响生育。

部分先天性隐睾，可能合并附睾、睾丸畸形，并非手术损伤。如睾丸、附睾连接长的情况，下面精子输出时可能产生较大困难，等到成人时，可能严重影响自然生育，但可通过人工辅助生育解决。