颅咽管瘤手术后遗症较多，最常见的有视力丧失、下丘脑功能损伤。可以是双侧或单侧的视力丧失，也可以是部分视野缺失，主要与肿瘤对视神经、视交叉的压迫有关。手术中会尽量在保护视神经的前提下，进行肿瘤切除。但有时因肿瘤钙化，与视神经交叉视束粘连较密，导致难以保存视神经、视力。
另外手术后，患者会出现垂体功能低下、下丘脑功能受损。患者会表现为多饮、多尿，即不能控制尿量，代谢紊乱，如水盐代谢紊乱，长期低钠、高钠，都需到医院进行处理。内分泌功能也属垂体功能的一部分，内分泌功能障碍会导致患者不能够长高，性发育受阻。需到专科门诊进行诊断治疗使用相应的激素替代治疗，在专科医生的指导下对手术后遗症进行矫正。
