胆管癌发病机制目前尚不明确，但存在部分患者有高危因素，包括胆道结石、先天性胆道囊性扩张症、华支睾吸虫感染患者，主要由于进食生鲜食物所致。但也存在部分其他因素，包括病毒性肝炎、胆管上皮瘤样病变、乳头样良性病变患者，均可能出现胆管癌。

此外，其他较罕见疾病患者如HIV病毒感染、环境及职业毒素暴露，均可能会导致胆管癌发生，IgG4相关性胆管炎及原发性硬化性胆管炎，也有可能会导致胆管癌发生。由于胆管癌患者早期没有临床症状，因此若患者考虑自身有危险因素存在，建议尽早到相关医院进行检查与诊断。