慢性胃肠炎实际上分为慢性胃炎和慢性肠炎，慢性胃炎的原因有很多，如：
1、最常见的就是幽门螺杆菌感染；
2、吃一些特殊的药物，比如心血管内科或者其它的科室，吃一些拜阿司匹林、消炎痛、关节炎方面的消炎的药物，这些非甾体抗炎药可以引起胃黏膜的损害；
3、胆汁的反流和胰液的反流，有一部分患者出现了胆汁的反流到胃部，也会引起慢性胃炎；
4、不良的生活习惯，比如暴饮暴食、吃太硬的食物或者是辛辣的食物、饮酒等会导致慢性胃炎，还有一部分人喜欢熬夜；
5、还有精神的紧张，精神的压力都会导致慢性胃炎；
6、随着年龄的增长，老年人得慢性胃炎的几率就比年轻人要高，环境的影响主要表现在季节的变化上，比如温差大于10℃以上的这种季节的变化，这会导致慢性胃炎的发生；
7、一些全身系统的疾病都会导致慢性胃炎。
慢性肠炎往往分为感染性和非感染性，感染性的肠炎分为细菌感染、真菌感染、病毒感染、寄生虫感染，非感染性疾病就是炎症性肠病，分为溃疡性结肠炎和克罗恩病，当然也有其它的一些特异性的肠炎。