烟雾病手术相对其它神经外科手术而言，是一种并发症相对更多的手术。手术后早期可能出现脑过度灌注综合征，或手术后可能出现缺血发作，且都可能影响病人出院时间。一般如果手术顺利，病人往往在1-2周后出院，回家后缓慢恢复一段时间，继续服用药物，没有特殊情况即可。
如果手术不顺利或手术后出现其它并发症，并不是一定造成不良预后，有可能是手术后正常出现的并发症，如脑过度灌注综合征，脑过度灌注综合征就是因把颅外血流引到颅内后，导致短期血流灌注过多，大脑需时间调节，接受外来血流，再进行脑血流重新分配，往往在手术后两周内大脑会完成自身适应，因此住院时间会延长。如果出现脑梗塞、癫痫发作，也可能导致住院时间延长，但往往在1-2周病人即可出院。
