从所有神经外科手术而言，烟雾病是一种风险相对较高的手术，可能手术比较顺利，但手术后也可能带来风险。最常见大脑血流在烟雾病时，已形成自身稳定状态，而手术对血流造成干扰，重新接入外来的血流，对原有血流形成较为明显的干扰，称为脑过度灌注综合征。导致颅内本来呈缺血状态，重新搭桥后导致颅内血流增加，可能导致出血，也可能增加以后导致原来血流停滞和梗塞。

常见的并发症如出血风险，而脑梗塞更为常见，在对原有血流造成影响后，导致大脑里血流重新分配，形成手术部位梗塞或原发部位梗塞。还有搭桥后可能手术中血流通畅，但手术后期造成小血管闭塞，导致手术效果并不理想。