新生儿脑炎治愈率与感染的病原体、是否得到及时、有效的规范治疗有关，早期脑炎经过有效、规范的治疗后，治愈率可以达到90%，主要针对临床表现是轻中型，而且颅脑影像学无严重的病灶的情况。对发生颅脑损伤，产生病理性坏死病灶的部分新生儿，可能脑炎治愈率会下降到60%-70%。
在新生儿发生脑炎后，应及早到医院就诊，尽早明确病原体，为后续针对性的治疗提供临床依据。如果是病毒性脑炎，需要应用足量、足疗程的抗病毒药物。新生儿脑炎比较常见的是细菌性脑膜炎，病原体包括金黄色葡萄球菌、革兰氏阴性杆菌等。在经过脑脊液检查确诊后，一定要在24小时内，使用足量、有效的杀菌抗生素，杀灭脑脊液中的病原体，较高程度地提高治愈率。
