尿道下裂是比较精细的手术，并发症相对较多，其常见早期并发症有出血、感染等，与其它手术并没有太多的区别。手术特异性并发症包括远期尿道外口狭窄、干燥性萎缩性包皮龟头炎、尿道憩室形成、尿道下弯矫正不全、尿道皮肤瘘、尿道内毛发和结石形成、尿道下裂残疾等。这些并发症不足以致命，但是很多并发症都需要再手术。尿道下裂是再手术几率比较高的手术，因此推荐患者去有丰富经验的整形科医生那里做尿道下裂的手术。