三叉神经痛微血管减压手术有风险，任何手术都有风险。微创手术本质上有创，只是相对过去的手术效果更好、风险更小，但不能跟患者说该手术绝对没有风险，这是误导患者的方法。除了血管减压之外，还有其它方法处理疾病。

三叉神经痛微血管减压术的风险主要存在于挑起大的血管压迫神经离开原来位置，滋养血管被拉直时，神经的血供可能会受影响。供血若影响到脑干时，可能会造成较严重的并发症。虽然并发症的发生率很小，但还是有这种可能性。