舌咽神经痛和三叉神经痛均是颜面部疼痛，两者在临床症状上有较多相似，如疼痛性质相似，主要的症状区别有以下几种：

1、疼痛部位：舌咽神经痛的疼痛部位分布在咽喉深部，为舌根部疼痛。三叉神经痛主要疼痛部位，表现在牙痛和颜面部疼痛。牵扯到舌头时，三叉神经痛的位置更靠前，而舌咽神经痛更靠舌根部位，患者可从疼痛位置进行区别；

2、诱发因素：舌咽神经痛和三叉神经痛的发作均有一个扳机点，即诱发因素，舌咽神经痛时，疼痛通常是由于吞咽动作诱发，例如喝水、吃饭时，做吞咽动作可以诱发疼痛。三叉神经痛诱发，最常见的是对颜面部的触碰，例如洗脸、刷牙时诱发疼痛。说话和吃饭也可能导致三叉神经痛发生，其区别在于吃饭时张嘴动作刚起始时，还没到吞咽动作时，三叉神经痛就已经诱发。

通常临床上还有部分患者，是舌咽神经痛与三叉神经痛同时发作、同时患病。所以有时还有其它因素，较难鉴别，这种情况下建议找有经验的医生进行鉴别。