儿童羊癫疯是由脑神经元过度放电导致的中枢神经系统功能失调，病因分为六类，分别是结构性、遗传性、感染性、代谢性、免疫性及未知病因：

1、结构性病因：指神经影像学如头部磁共振等检查有可见结构性异常，并且临床评估该结构性异常是患者癫痫发作的原因；

2、遗传性病因：指癫痫是由已知或推测的基因突变导致。癫痫涉及的遗传性病因较为多样，部分病例中检测到已知癫痫的相关基因，在部分病例中尚未检测到明确基因突变，但推测很可能存在基因突变。相信随着分子遗传学的发展，越来越多癫痫的致病性基因突变将被发现；

3、感染性病因：反复癫痫发作是由感染性事件导致，如结核病、脑型疟疾、亚急性硬化性全脑炎及巨细胞病毒感染导致的癫痫等；

4、代谢性病因：是指癫痫是由已知或推测的代谢性疾病直接导致，如氨基酸代谢缺陷病或吡哆醛依赖症等；

5、免疫性病因：是指反复癫痫发作是由中枢神经系统的自身免疫性炎症导致；

6、未知病因：癫痫的病因目前尚不明确。